政府的理由主要有两类：一是保护农民自己，二是保证国家的粮食安全。首先，禁止“小产权”固然可能限制了农民致富的机会，但同时也不失为对农民生计的长远保护。
                                      

　　目前，中国每年农村城镇化正常占用土地约400多万亩，其中大约一半是农民耕地，表明每年约有百万农民失去耕地。如果农地可以规避政府审批而自由买卖，就有可能造成无序状态。尤其在社会转型时期，土地价值变化很快，一些农民可能出于短视而廉价卖出土地，从而失去长期获益的机会，村委统建的小产权房可以买，并在沦为无业游民之后对社会秩序产生威胁。

　　其次，由于中国人多地少，中央有理由限制土地使用权的流转或用途变更，保证足够数量的耕地，进而保证国家的粮食安全。目前，中央划定的耕地“红线”是18亿亩，其中16亿亩为“基本农田”，接近耕地保有量的90％，占国土总面积的15％。世界各国的耕地占总面积比例相差很大，有的远高于中国（如印度高达54％），有的则远低于中国（如俄罗斯只有7％）。

　　各国的粮食需求也各不相同，例如俄罗斯虽然耕地比例小，耕地面积也小于中国，而俄罗斯的人口及其对粮食的需求也远少于中国；印度土地面积小、人口增长快且总数逐渐接近中国，但是耕地比例高，因而耕地面积仍超过中国。总之，中国可能是世界上粮食需求压力最大的国家，因而有必要采取特别措施保护耕地。

　　当然，虽然有理由，但是问题在于，国家所采取的手段是否能够有效地实现这些目的？目的正当并不必然意味着手段正当，村委房与小产权有什么区别，“好心办坏事”其实是很常见的现象，而政府不得用良好的目的为不正当、不合理或不必要的手段开脱。禁止小产权房本身显然并不是目的，而只是实现正当目的的一种手段；由于实现同一个目的可以选择多种手段，所以禁止小产权房对于保护农民或耕地来说未必是必要与适当的手段。